Çakırca bazalt sütunları, Sarnıç Platosunun en kuzey ucunda bulunan Toytepe Volkanının yaklaşık olarak 1.260 milyon yıl önce faaliyete geçmesi sonucu çıkan lavların çevreye yayılması ve belli alanlarda oldukça kalın lav örtüsü oluşturması sonucunda oluşmuştur. Söz konusu lav örtüsü yayıldığı alt yüzey ve dış atmosferle temas eden üst yüzey boyunca hızla soğumaya başlar. Lav örtüsünün alt ve üst yüzeylerinde başlayan soğuma zamanla lav kütlesinin derinlerine doğru devam eder. Bu esnada lav örtüsünde meydana gelen soğuma, hacim daralmasına bağlı olarak lav örtüsünde gerilme, daralma ve büzülmelere sebep olur. Bu durum başlangıçta, lav akıntıları üzerinde altıgen (heksagonal) tipte çatlak sistemlerinin gelişmesine ve zamanla bu çatlakların derinlere doğru uzanması şeklinde gerçekleşir. Sonuçta birbirine kenetlenmiş altıgen biçiminde bazalt sütunları oluşur. Soğumaya bağlı büzülme ve daralmaların lav kütlesinin merkezi kısmında başlaması çevreye doğru eşit bir şekilde yayılması altıgen biçiminde sütunların oluşumunu sağlamıştır. Söz konusu sütun yapısı birçok volkanik kayaçta görülebilir. Ancak karakteristik sütun yapıları genellikle bazaltlar üzerinde görülür. Yapılan bilimsel çalışmalar, altıgen biçiminde bazalt sütunlarının genellikle aynı kalınlıkta veya aynı jeokimyasal bileşime sahip lav akıntıları içerisinde geliştiğini ortaya koymuştur.